L’AP-UpM comporte 5 commissions permanentes, qui symbolisent les domaines prioritaires de l’Assemblée parlementaire. Elles sont responsables du suivi de leurs domaines thématiques respectifs dans le respect du partenariat euro-méditerranéen, et se réunissent au moins une fois par an.

Chaque commission se compose de 56 membres, dont 28 viennent des États méditerranéens partenaires, 19 des Parlements nationaux des États-membres de l’UE, et 9 sont membres du Parlement européen. Chaque commission parlementaire élit un président et trois vice-présidents, pour un mandat de 2 ans.